蓝藻的防控的四个注意要点：
一、常规清塘。生过蓝藻的池塘，干塘后，用生石灰每亩100千克全池泼洒，这样能有效抑制蓝藻繁殖。
二、调控水质。经常使用微生物制剂调水，如EM菌、芽孢杆菌、小球藻等，使有益藻类得到大量繁殖，培育绿藻和硅藻等有益藻类快速生长成为优势藻种来抑制蓝藻生长，只要“藻相”平衡，有害藻就不会大量繁殖。使用微生物制剂过程中注意防止池塘缺氧，应选择连续晴好天气使用，使用后应开启增氧机两小时以上。
三、科学投饵。当养殖对象进入吃食生长的旺季时，大量投饵使水体中的残饵和养殖对象排泄物增多，而使水体富营养化，有蓝藻的池塘，这时就很容易爆发，对水质的管理和病害防治带来困难。要做到根据天气和吃食情况合理投饵，经常调整投饵量，尽量避免饵料过剩。通过使用底改药物改善底质，并调控水质。
四、药物控制。对已发生蓝藻的塘口，最好使用生物性药物控制，不能全池使用化学性铜类药物，因为化学性药物会将有益藻类、有害藻类全部杀灭，形成“倒藻”，引起缺氧浮头，而且使底质恶化，引发应激中毒。可在下风边蓝藻聚集处局部使用强氯精等药物杀灭，再用解毒剂解除死藻毒性。
总之，控制蓝藻的发生最根本的是要平衡氮磷比例，合理使用肥水、调水产品，适时培育绿藻和硅藻等有益藻类，成为优势藻种来抑制蓝藻生长，从而改变蓝藻过度繁殖的状况，达到控制蓝藻爆发的目的。
