水产养殖废水污染主要有以下几种物质:悬浮颗粒物、有机物、氨氮、亚硝酸盐、磷。水产养殖废水具有污染物含量低、一次排水量大的特点，给处理带来了很大困难。目前养殖废水净化技术主要有物理方法、化学方法和生物方法。
一、物理处理法
物理方法主要包括过滤吸附法、曝气充氧法、泡沫分离法和紫外线照射法等。
水产养殖废水中存在大量悬浮颗粒物，过滤吸附法是最经济快捷的方法，机械过滤主要用于直径为60～200μm的悬浮颗粒物处理。
泡沫分离法有独特的优势，能将悬浮颗粒物通过气泡的浮力和表面张力形成泡沫从而达到去除的目的。
二、化学方法
化学方法主要包括絮凝沉降法、臭氧消毒法、电化学法等。
絮凝沉降法常用于去除水体中的悬浮颗粒物。自然水体中胶体粒子大多带负电荷，加入铁盐、铝盐、聚丙烯酰胺、氢氧化钙等带正电荷的絮凝剂可以使胶体粒子聚集形成絮团下沉，从而达到去除悬浮颗粒物的目的。
臭氧处理法是水产养殖废水处理的常用方法之一，可去除氨氮、硝酸盐等有害物质，有较强的杀菌作用，还能增加水中的溶解氧。
化学技术具有快速、高效、操作简单、设备紧凑、产泥少等特点，近年广泛用于水产养殖废水处理
三、生物处理
物理、化学处理法虽然效率高，但耗能大，处理成本高，而且易造成二次污染，在实际应用中受到一定的限制。而生物处理方法由于其成本低、适应性广、具有生态性和再生性，不会对环境造成二次污染，目前得到普遍关注和持续研究。生物处理方法包括微生物菌剂原位修复、生态处理技术、生物工程技术和综合处理技术等。
微生物菌剂技术：微生物菌剂无毒副作用、无污染，可改善水质，减少病害发生，提高水产养殖动物的免疫力和产量，在水产养殖中具有很好的应用前景。目前微生物菌剂主要有光合细菌、芽孢杆菌、乳杆菌、双歧杆菌、硝化细菌等，可以通过加入饵料或直接投加到水体中起到预防和减少病原菌感染的作用。微生物制剂主要包括单一型制剂和复合型制剂。
生态处理技术：常用的生态工程技术主要有人工湿地、生态浮岛、生态坡和生态沟渠通过对生态环境结构功能优化、植物、微生物、基质等方面开展养殖废水处理。
生物工程技术：生物工程技术主要有生物滤池、生物转盘、生物流化床、生物膜反应器等。高浓度氨氮和硝酸盐氮不仅对水产养殖动物有巨大危害，也是自然环境水体富营养化的重要原因之一，因而去除水产养殖系统中的氨氮和硝酸盐氮是废水处理的主要目标。同步硝化反硝化脱氮和好氧反硝化技术是目前生物工程技术中的主要脱氮技术，在同一反应器内可实现同时硝化和反硝化，降低了动能消耗和处理费用，提高了脱氮效率，已成为水产废水脱氮处理的重要途径之一。
